

Organisering
Miljøløftet er organisert i en styringsgruppe, en administrativ koordineringsgruppe, et sekretariat og geografiske arbeidsgrupper.
Styringsgruppen
Styringsgruppen har hovedansvaret for styring og koordinering av Miljøløftet, basert på prinsipp om porteføljestyring og mål- og resultatstyring. De avgjør blant annet hvilke prosjekter som skal prioriteres og hvordan pengene i Miljøløftet skal brukes. Medlemmene er ordførere eller byråd fra de fem avtalekommunene Alver, Askøy, Bjørnafjorden, Øygarden og Bergen, fylkesordfører og representanter fra de statlige partene Statens vegvesen, Jernbanedirektoratet og Statsforvalteren. Styringsgruppen ledes av vegdirektøren.
Prioriteringsrådet
Prioriteringsrådet er den administrative koordineringsgruppen i Miljøløftet. Rådet består av representanter fra administrasjonen hos partene, og fungerer som et forberedende og rådgivende organ for Styringsgruppen. Som regel blir saker behandlet i Prioriteringsrådet, som foreslår vedtak, før det blir behandlet i Styringsgruppen.
Geografiske arbeidsgrupper
Miljøløftet har fire geografiske arbeidsgrupper, med ansvar for hver sin del av avtaleområdet. De fire arbeidsgruppene er: Nord-øst (Alver kommune og bydelene Åsane og Arna), Vest (Øygarden og Askøy kommuner, og ytre del av Laksevåg bydel), Sør (Bjørnafjorden kommune og bydelene Fana og Ytrebygda) og Sentrum (Bergenhus, Årstad, Fyllingsdalen og Indre Laksevåg).
Arbeidsgruppene er satt sammen av fagpersoner hos partene, på tvers av etater, og vurderer prosjektene i porteføljen innenfor sitt område.
Sekretariatet
Sekretariatet er et saksforberedende organ som koordinerer samarbeidet og oppfølgingen av byvekstavtalen på vegne av alle partane i Miljøløftet, og legger til rette for god porteføljestyring og rapportering av økonomi og måloppnåelse. Sekretariatet forbereder saker for Prioriteringsrådet og Styringsgruppen, og skal sørge for at det utarbeides saksunderlag og faglige utredninger som er nødvendig for Styringsgruppen beslutninger. Sekretariatet har også et særskilt ansvar for kommunikasjon.